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祝贺!我校孙悦副教授与中国科学院动物研究所李明研究员团队合作研究取得新进展

2026年02月02日 孙悦 点击:[]

本网讯 近日,我校生物科学学院孙悦副教授联合中国科学院动物研究所李明研究员团队,在环境科学领域国际顶级期刊《Journal of Hazardous Materials》(中科院一区TOP,IF:11.2)上发表了题为“Human activities and horizontal gene transfer shape the resistome landscapes of non-human primates”的研究论文。该研究通过整合宏基因组学与生态建模手段,系统揭示了人类活动与水平基因转移如何共同塑造灵长类动物的耐药组景观,为环境耐药性风险评估与生物多样性保护提供了重要的科学依据。

研究团队以贵州省内黔金丝猴、黑叶猴、藏酋猴及猕猴等四种非人灵长类及其生境土壤进行了深度分析,累计数据量达932.62 GB。基于综合性抗生素抗性数据库(CARD),共鉴定出涵盖115个类别及9种机制的1,927种抗生素耐药基因。通过构建高分辨率基因组图谱,团队成功组装出1,477个物种水平基因组,其中84%为未知新物种,主要隶属于厚壁菌门与拟杆菌门。研究发现,受人类活动干预较强的黔灵山猕猴种群,其抗生素耐药基因丰度显著最高。系统发育与水平基因转移分析显示,在10,599次水平基因转移事件中,假单胞菌属(Pseudomonas)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和丛毛单胞菌属(Comamonas)是驱动耐药基因跨物种扩散的核心菌属。值得关注的是,尽管黔金丝猴进化出如f_CAG-508等特异性菌群,但其HGT频率最低(仅23次);而分布广泛的藏酋猴虽耐药丰度并非最高,却参与了近半数的HGT事件(312次)。这一结果证实了物种分布格局与基因流动态的内在联系:广布种具有更高的遗传交换频率,而黔金丝猴所处的“孤岛”生境及其分布局限性,有效降低了耐药基因的水平扩散风险。

研究进一步通过特征优化筛选,成功构建了由 mdtH、tet(S) 等10个核心耐药基因组成的评价体系,可高效评估非人灵长类肠道耐药基因组的总体负担。相关性分析表明,人类活动强度与耐药基因丰度呈显著正相关。结合物种分布模型预测,至2090年,黔金丝猴与黑叶猴的适宜生境将面临剧烈萎缩。尽管梵净山、麻阳河等国家级自然保护区仍是其关键避难所,但在气候变化与人类扰动的双重压力下,这些区域极可能演变为耐药基因水平扩散的“敏感热点”。

该研究提出应将灵长类动物视为“一个健康(One Health)”视角下抗生素耐药性监测与政策制定的“哨兵物种”,这一研究范式不仅深化了我们对抗生素耐药基因跨物种传播规律的理解,更为评估其对宿主进化适应、生态系统稳定性及全球公共卫生的长效影响提供了关键的科学依据。

我校孙悦副教授、中科院动物所张鸣一博士研究生、滕扬博士及尹岳琦博士研究生为论文共同第一作者,李明研究员与王晓晨博士为共同通讯作者。研究受国家自然科学基金及贵州省林业局科研项目的资助。此项成果标志着我校在林业学科建设、硕士点发展及高水平跨单位科研协作方面取得了又一重要进展。

原文链接https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2026.141276。

文/图 孙悦  初审/佘颖慧  复审/王珏  终审/孙秀华

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2026-02-02

本网讯 近日,我校生物科学学院孙悦副教授联合中国科学院动物研究所李明研究员团队,在环境科学领域国际顶级期刊《Journal of Hazardous Materials》(中科院一区TOP,IF:11.2)上发表了题为“Human activities and horizontal gene transfer shape the resistome landscapes of non-human primates”的研究论文。该研究通过整合宏基因组学与生态建模手段,系统揭示了人类活动与水平基因转移如何共同塑造灵长类动物的耐药组景观,为环境耐药性风险评估与生物多样性保护提供了重要的科学依据。

研究团队以贵州省内黔金丝猴、黑叶猴、藏酋猴及猕猴等四种非人灵长类及其生境土壤进行了深度分析,累计数据量达932.62 GB。基于综合性抗生素抗性数据库(CARD),共鉴定出涵盖115个类别及9种机制的1,927种抗生素耐药基因。通过构建高分辨率基因组图谱,团队成功组装出1,477个物种水平基因组,其中84%为未知新物种,主要隶属于厚壁菌门与拟杆菌门。研究发现,受人类活动干预较强的黔灵山猕猴种群,其抗生素耐药基因丰度显著最高。系统发育与水平基因转移分析显示,在10,599次水平基因转移事件中,假单胞菌属(Pseudomonas)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)和丛毛单胞菌属(Comamonas)是驱动耐药基因跨物种扩散的核心菌属。值得关注的是,尽管黔金丝猴进化出如f_CAG-508等特异性菌群,但其HGT频率最低(仅23次);而分布广泛的藏酋猴虽耐药丰度并非最高,却参与了近半数的HGT事件(312次)。这一结果证实了物种分布格局与基因流动态的内在联系:广布种具有更高的遗传交换频率,而黔金丝猴所处的“孤岛”生境及其分布局限性,有效降低了耐药基因的水平扩散风险。

研究进一步通过特征优化筛选,成功构建了由 mdtH、tet(S) 等10个核心耐药基因组成的评价体系,可高效评估非人灵长类肠道耐药基因组的总体负担。相关性分析表明,人类活动强度与耐药基因丰度呈显著正相关。结合物种分布模型预测,至2090年,黔金丝猴与黑叶猴的适宜生境将面临剧烈萎缩。尽管梵净山、麻阳河等国家级自然保护区仍是其关键避难所,但在气候变化与人类扰动的双重压力下,这些区域极可能演变为耐药基因水平扩散的“敏感热点”。

该研究提出应将灵长类动物视为“一个健康(One Health)”视角下抗生素耐药性监测与政策制定的“哨兵物种”,这一研究范式不仅深化了我们对抗生素耐药基因跨物种传播规律的理解,更为评估其对宿主进化适应、生态系统稳定性及全球公共卫生的长效影响提供了关键的科学依据。

我校孙悦副教授、中科院动物所张鸣一博士研究生、滕扬博士及尹岳琦博士研究生为论文共同第一作者,李明研究员与王晓晨博士为共同通讯作者。研究受国家自然科学基金及贵州省林业局科研项目的资助。此项成果标志着我校在林业学科建设、硕士点发展及高水平跨单位科研协作方面取得了又一重要进展。

原文链接https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2026.141276。

文/图 孙悦  初审/佘颖慧  复审/王珏  终审/孙秀华